特殊副本大致可分为三种：每日副本、紧急副本、活动副本。
- 每日副本：一周七天每天都会开放特定的每日副本，这类副本多用于“打素材”和“打钱”上。
- 紧急副本：紧急副本意指只于等字短时间内开放的一些副本。已知神魔之塔有每日紧急副本用于获取高经验值兽。具体请参考紧急任务。
- 活动副本：活动副本指特定限期内一些有机会掉落平时没有的宠物的副本。暂知神魔之塔中此类副本限期多为一周，未知会否于日后重开。
特殊副本
 魔法学院的试练‧火
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 魔法学院的试练‧木
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 魔法学院的试练‧水
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 魔法学院的试练‧暗
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 魔法学院的试练‧光
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 沉睡中的亡灵
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 大厅的钥匙
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 辛劳的价值
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| 亡灵的序曲
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 束缚的枷锁
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 甲龙之脊
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| 星咏的宫殿
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| 亡灵的首部曲
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 蜕变的亡灵
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 召唤师的试炼
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| 疯癫的亡灵
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| 亡灵的火炬
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 蓝色的疯暴
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| 亡灵的曲调
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每日副本
请参考每日指定副本
紧急副本
请参考紧急任务
活动副本
| 命运三姊妹‧火 | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 名称 | 属性 | 体力 | 回合 | 经验 | 经/体 | 限制 | ||
| 花园中的幼女 超级 | 
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30 | 10 | 2000 | 67 | |||
| 花园中的幼女 高级 |
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25 | 5 | 1500 | 60 | |||
| 花园中的幼女 中级 |
|
20 | 5 | 600 | 30 | |||
| 花园中的幼女 初级 |
|
15 | 5 | 300 | 20 | |||
| 命运三姊妹‧木 | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 名称 | 属性 | 体力 | 回合 | 经验 | 经/体 | 限制 | ||
| 花园中的次女 超级 | 
|
30 | 10 | 2000 | 67 | |||
| 花园中的次女 高级 |
|
25 | 5 | 1500 | 60 | |||
| 花园中的次女 中级 |
|
20 | 5 | 600 | 30 | |||
| 花园中的次女 初级 |
|
15 | 5 | 300 | 20 | |||
| 命运三姊妹‧水 | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 名称 | 属性 | 体力 | 回合 | 经验 | 经/体 | 限制 | ||
| 花园中的大女 超级 | 
|
30 | 10 | 2000 | 67 | |||
| 花园中的大女 高级 |
|
25 | 5 | 1500 | 60 | |||
| 花园中的大女 中级 |
|
20 | 5 | 600 | 30 | |||
| 花园中的大女 初级 |
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15 | 5 | 300 | 20 | |||
| 古代的守护神‧木 | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 名称 | 属性 | 体力 | 回合 | 经验 | 经/体 | 限制 | ||
| 治疗的绿荫 高级 |
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25 | 5 | 1500 | 60 | |||
| 治疗的绿荫 中级 |
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20 | 5 | 600 | 30 | |||
| 治疗的绿荫 初级 |
|
15 | 5 | 300 | 20 | |||
| 古代的守护神‧火 | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 名称 | 属性 | 体力 | 回合 | 经验 | 经/体 | 限制 | ||
| 炽热的红光 高级 |
|
25 | 5 | 1500 | 60 | |||
| 炽热的红光 中级 |
|
20 | 5 | 600 | 30 | |||
| 炽热的红光 初级 |
|
15 | 5 | 300 | 20 | |||