特殊副本大致可分為三種：每日副本、緊急副本、活動副本。
- 每日副本：一週七天每天都會開放特定的每日副本，這類副本多用於「打素材」和「打錢」上。
- 緊急副本：緊急副本意指只於等字短時間內開放的一些副本。已知神魔之塔有每日緊急副本用於獲取高經驗值獸。具體請參考緊急任務。
- 活動副本：活動副本指特定限期內一些有機會掉落平時沒有的寵物的副本。暫知神魔之塔中此類副本限期多為一週，未知會否於日後重開。
特殊副本
 魔法學院的試練‧火
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 魔法學院的試練‧木
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 魔法學院的試練‧水
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 魔法學院的試練‧暗
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 魔法學院的試練‧光
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 沉睡中的亡靈
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 大廳的鑰匙
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 辛勞的價值
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| 亡靈的序曲
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 束縛的枷鎖
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 甲龍之脊
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| 星詠的宮殿
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| 亡靈的首部曲
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 蛻變的亡靈
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 召喚師的試煉
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| 瘋癲的亡靈
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| 亡靈的火炬
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 藍色的瘋暴
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| 亡靈的曲調
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每日副本
請參考每日指定副本
緊急副本
請參考緊急任務
活動副本
| 命運三姊妹‧火 | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 名稱 | 屬性 | 體力 | 回合 | 經驗 | 經/體 | 限制 | ||
| 花園中的幼女 超級 | 
|
30 | 10 | 2000 | 67 | |||
| 花園中的幼女 高級 |
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25 | 5 | 1500 | 60 | |||
| 花園中的幼女 中級 |
|
20 | 5 | 600 | 30 | |||
| 花園中的幼女 初級 |
|
15 | 5 | 300 | 20 | |||
| 命運三姊妹‧木 | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 名稱 | 屬性 | 體力 | 回合 | 經驗 | 經/體 | 限制 | ||
| 花園中的次女 超級 | 
|
30 | 10 | 2000 | 67 | |||
| 花園中的次女 高級 |
|
25 | 5 | 1500 | 60 | |||
| 花園中的次女 中級 |
|
20 | 5 | 600 | 30 | |||
| 花園中的次女 初級 |
|
15 | 5 | 300 | 20 | |||
| 命運三姊妹‧水 | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 名稱 | 屬性 | 體力 | 回合 | 經驗 | 經/體 | 限制 | ||
| 花園中的大女 超級 | 
|
30 | 10 | 2000 | 67 | |||
| 花園中的大女 高級 |
|
25 | 5 | 1500 | 60 | |||
| 花園中的大女 中級 |
|
20 | 5 | 600 | 30 | |||
| 花園中的大女 初級 |
|
15 | 5 | 300 | 20 | |||
| 古代的守護神‧木 | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 名稱 | 屬性 | 體力 | 回合 | 經驗 | 經/體 | 限制 | ||
| 治療的綠蔭 高級 |
|
25 | 5 | 1500 | 60 | |||
| 治療的綠蔭 中級 |
|
20 | 5 | 600 | 30 | |||
| 治療的綠蔭 初級 |
|
15 | 5 | 300 | 20 | |||
| 古代的守護神‧火 | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 名稱 | 屬性 | 體力 | 回合 | 經驗 | 經/體 | 限制 | ||
| 熾熱的紅光 高級 |
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25 | 5 | 1500 | 60 | |||
| 熾熱的紅光 中級 |
|
20 | 5 | 600 | 30 | |||
| 熾熱的紅光 初級 |
|
15 | 5 | 300 | 20 | |||